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英国科学家合作绘制斑马鱼顺式调节元件的功能分层和发育动力学多组学图谱

作者:luojiao 发布时间:2022/7/19 8:55:00
2022年7月4日,英国伯明翰大学Ferenc Müller研究组在国际一流学术期刊nature genetics上发表题为“Multiomic atlas with functional stratification and developmental dynamics of zebrafish cis-regulatory elements”的研究论文,绘制出了斑马鱼顺式调节元件的功能分层和发育动力学多组学图谱。



斑马鱼是研究胚胎发育和模拟人类疾病的常用生物体,到目前为止,它还缺乏类似于其他动物模型的系统功能注释程序。为了解决这个问题,研究人员成立了国际DANIO-CODE联盟,并创建了一个中央存储库来存储和处理斑马鱼的发育功能基因组数据。这个数据协调中心https://danio-code.zfin.org抽取了1802个样本,包含未发表的和重新分析过的已发表的基因组数据,每个样本有数百万个数据点,为转基因育种和发育和疾病的遗传研究提供了最广泛的候选DNA区域。



研究人员在整个发育过程中确定了超过14万个顺式调控元件,包括具有取决于其在时间和空间上的活性的不同特征的类别。研究人员划定了在子代基因组激活期间活跃的调控元件,和在器官发育期间活跃的调控元件之间的不同距离拓扑结构和染色质特征。

该图谱将帮助研究人员更好地研究各种类型的癌症(如皮肤癌)、心脏病和神经退化。它可能会帮助更多的研究人员在他们的研究中取代哺乳动物模型。此外,研究人员在斑马鱼和小鼠之间匹配了调控元件和表观基因组景观,并预测了它们之间超越序列相似性的功能关系,从而将斑马鱼发育基因组学的效用扩展到哺乳动物。

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