当前位置：首页 > 详细信息 同济大学张勇组开发方法绘制胚胎发育早期转录因子结合位点图谱
作者：luojiao 发布时间：2022/2/10 3:00:00
合子基因组激活（ZGA）是早期胚胎发育过程中最重要的生物学事件之一，转录因子在这一过程中具有重要的作用，绘制转录因子的全基因组结合位点图谱对于揭示其调控ZGA的机制具有重要意义。目前用于检测转录因子结合位点的技术主要依赖于高质量的特异性抗体，在已有的研究中仅有少数转录因子在ZGA时期的结合情况是已知的。
同济大学生命科学与技术学院张勇教授课题组题为“Antibody-free profiling oftranscription factor occupancy during early embryogenesis by FitCUT&RUN”的论文作为封面文章发表于今年2月的Genome Research期刊。该工作首先通过引入转录因子-rFc的融合表达，建立了不依赖于特异性抗体的绘制转录因子结合位点图谱的方法FitCUT&RUN。该工作在K562细胞中验证了FitCUT&RUN的有效性和可靠性，且相较于CUT&RUN、FLAG-CUT&RUN、ChIP-seq具有更高的检测灵敏度，适合于胚胎发育早期的研究。
Nanog参与调控斑马鱼ZGA过程中染色质开放区域的建立并影响部分基因的转录激活。该工作在斑马鱼ZGA过程中产生了时序性的Nanog FitCUT&RUN数据，并按照Nanog结合的时间将其结合位点分为pre-MBT （Midblastula Transition，中期囊胚转换）时期出现、MBT时期新出现和post-MBT时期新出现三类。在pre-MBT时期出现的结合位点的靶基因倾向于在ZGA期间达到最高的转录水平，而MBT时期新出现或post-MBT时期新出现的结合位点的靶基因在ZGA之后的胚层分化过程中具有更高的转录水平。该工作的结果表明，在ZGA主要阶段之前，Nanog在基因调控区域的结合与相当一部分早期转录基因的激活密切相关。
图1 Nanog occupancy as detected by FitCUT&RUN during zebrafish ZGA
张勇教授和刘桂芬副研究员为这项研究的通讯作者，博士生王湘秀、王文为共同第一作者，博士生王益曼、硕士生陈佳参与了这项工作。封面由同济大学生物信息学专业校友陈一情绘制。这项研究得到了国家自然科学基金委、国家科技部的资助。据悉，该研究所用斑马鱼为来自国家水生生物种质资源库国家斑马鱼资源中心所提供的标准野生型品系。
图1 Nanog occupancy as detected by FitCUT&RUN during zebrafish ZGA
张勇教授和刘桂芬副研究员为这项研究的通讯作者，博士生王湘秀、王文为共同第一作者，博士生王益曼、硕士生陈佳参与了这项工作。封面由同济大学生物信息学专业校友陈一情绘制。这项研究得到了国家自然科学基金委、国家科技部的资助。据悉，该研究所用斑马鱼为来自国家水生生物种质资源库国家斑马鱼资源中心所提供的标准野生型品系。